「こんてにゃあ」は、Ｎゲージ各社の販売しているコンテナ車と仕様の共通化をしています。
取付けツメの位置、寸法などを合わせていますので、そのまま各社コンテナ車に積載することが出来ます。

コンテナの積載は、コンテナ本体裏側のポケット部にコンテナ車側のツメを引っ掛けるだけですが、組み立て時に脚部のゲートにバリが残っているとコンテナ本体が浮き上がってしまい、ポケット部にツメに掛かりにくくなるので注意してください。

裏面には、コンテナ車の取り付けツメに合わせたポケットが５ヶ所ついており、またコンテナ同士を連結する「コンテナ連結パーツ」が付いていますので、製品では４個積み更新後となった１００００系，５０００系・コンテナ車でも、更新前の５個搭載が可能です。

ＫＡＴＯ製の、コキ５５００形（旧製品），コキ１００００形，コキフ１００００形は、コンテナが一体成型で取り付け寸法も異なるので、「こんてにゃあ」をそのまま積載することはできません。
また、同社のコキ５５００形（新製品），チキ５０００形も、ツメの位置が異なるのでそのまま積載することはできません。
これは、旧５ｔ（旧１種）コンテナは新５ｔ（旧２種）コンテナ（Ｃ２０形式以降の５ｔコンテナ）よりも幅寸法が狭いのですが、ＫＡＴＯの当該製品ではこれをきちんと再現しているためコンテナの幅が小さく、他社と積載ツメの仕様が異なっているためです。

「こんてにゃあ」では、各社の標準コンテナと仕様の共通化をしたため、実物よりもコンテナの幅寸法を少し大きくしています。

コンテナ本体をコンテナ車に積む時、積み方にはなにか決まり事はあるのでしょうか？

コンテナ車にコンテナを搭載する場合、なるべく両方の台車に重量が均等にかかるようにするため、基本的に前後対称の位置にコンテナを搭載していくのが普通です。
これは、ブレーキをかけたときの空転・滑走を避けるためです。

以下に、実車における積み込み例を挙げておきます。

このうち、「１−１」と「３−１」の場合、Ｔｏｍｉｘ製・４個積み更新車に載せる時は中央のコンテナを固定する位置にツメがないので、両面テープなどで固定することになります。
「３−２」と「５−１」の場合には、「コンテナ連結パーツ」を使って中央のコンテナを保持してください。

コキフ１００００形など車端に車掌室を載せた車両では、車掌室をコンテナ１個分と考えてバランスをとりながら搭載します。
１個搭載の場合「２−２」の位置、２個搭載の場合「３−１」の位置、３個搭載の場合は「４−１」の位置と同じになります。

ちなみに、コム１形とコラ１形の場合は、運用時には「満載」の状態（コムは２個、コラは３個）か、または「空車」の状態のどちらかにしなければならなかったようです。

一般的にコンテナ車に搭載する場合、コンテナの向きに決まりはありませんが、車端に位置するコンテナだけは「扉のある面を車体の中央側に向ける」ようにしています。
ですから、コンテナ車の両端部にコンテナの妻面扉が見えていることは、基本的にはありません。

逆に、コンテナ車からトラック等の荷台に載せ替える時には、荷台後面に妻面扉が見えるように搭載するのが普通です。
ほとんどの荷扱い先では、コンテナを荷台に載せたままで荷物の出し入れが行えるようにするためです。
ただし、荷扱い先でコンテナをトラックから降ろしてしまう現場へ向かう場合は、コンテナの妻面扉が見えない向きに積む場合もあります。